Što je zapravo genetski materijal u CORVELVA “studiji”?

I ovaj članak je odgovor na danas često dijeljene „studije“ talijanske Corvelva, ovog puta vezano uz „metagenomske analize“ nekih cjepiva. Radi se o primjeni „Next generation sequencing“ ili „Deep sequencing“, metoda sekvenciranja DNA (ili RNA) u kojem odjednom analiziramo milijune sljedove DNA ili RNA. U toj internet objavi zaključuju kako se u cjepivima nalazi „prevelika“ količina genetskog materijala i kako to može biti posljedično opasno.

Ukratko, ovaj izvještaj je puno jednostavniji za analizu. Jedan je zaključak: Autori nisu našli ništa neočekivano u cjepivima. Metagenomske analize su unijele revoluciju u znanost, ali autori nisu poduzeli mjere standardizacije izolacije genetskog materijala. Nisu dali nikakve laboratorijske detalje te kompjuterske algoritme analize. Upozorenje oko „visoke razine DNA u Priorix tetra“ je očekivano s obzirom na to da od tri ispitivana cjepiva jedino Priorix tetra sadrži cijepni soj DNA virusa koji i doprinosi većoj razini DNA. Ostala dva cjepiva su RNA virusi, odnosno cijepni spojevi. Činjenica da autori nisu našli RNA rubeole u Priorix tetra govori i problematičnosti njihove metodologije.

Pogledajmo sada detalje. Naslovi iz objavljene “studije” napisani su velikim slovima, a analize tih tvrdnji su objašnjene ispod. Probao sam pisati razumljivim jezikom, ali logično da se neke stvari ne mogu objasniti bez određene razine stručnosti. Prije nego itko takve studije i dijeli preko društvenih mreža, i sam/a bi trebao/la iskreno vidjeti da li može interpretirati takve studije.

RESULTS OF THE ANALYSIS OF VACCINE SAMPLES 1,2,3 

U navedenoj tablici autori su analizirali pomoću Next generation sequencing RNA i DNA. Analizirana su sljedeća cjepiva: Priorix Tetra koji sadrži RIT 4385 soj virusa parotitisa (zaušnjaka), Schwarz soj virusa morbila (ospica) koji su uzgojeni na embrionalnim pilećim stanicama; te sadrži Wistar RA 27/3 soj virusa rubeole i OKA soj varičela-zoster virusa (VZV) uzgojeni na ljudskoj MRC5 staničnoj liniji. Virusi ospica, rubeole i parotitisa su RNA virusi (u svom sadržaju imaju RNA), dok je VZV virus DNA virus, odnosno u svojoj strukturi sadrži DNA.

MMR Vax Pro sadrži Enders’ Edmonston virus ospica i Jeryl Lynn [Level B] soj virusa zaušnjaka uzgojeni na embrionalnim pilećim stanicama, te Wistar RA 27/3 soj virusa rubeole uzgojen na WI-38 ljudskoj staničnoj liniji fibroblasta iz pluća. Sadrži samo RNA viruse.

Measles vaccine live B.P. sadrži soj Edmonston Zagreb soj virusa ospica uzgojen na MRC-3 ljudskoj staničnoj liniji. Autori su najprije „zgroženi“ količinom DNA u Priorix Tetra u odnosu na druga dva cjepiva i smatraju to opasnim. Mislim da je riječ o pogrešci nivoa lošijeg studenta, naime, Priorix Tetra jedini i sadrži DNA virus kao cijepni soj. Logično je da ima više DNA. Naravno, moguće je da je dio te DNA iz stanica na kojoj cijepni soj raste, ali koja je biološka relevantnost toga? Autori navode i kako je većina tih sekvenci DNA veća od 10 000 parova baza te automatski to opisuju kao ljudsku DNA, zaboravljajući kako Varičela-zoster virus ima DNA dužu od 10 000 parova baza. U MMR Vax Pro količina DNA je vrlo niska, ispod razine detekcije, a količina DNA u B.P. cjepivu je isto vrlo niska, oko 10ng. Sve je to potpuno očekivano. Količina RNA u svim cjepivima je očekivano vrlo niska.

Autori navode postotke koji dio DNA ili RNA pripada staničnoj liniji. Autori NISU naveli metodologiju izračuna postotka, nisu naveli kako su optimizirali uvjete izolacije DNA i RNA. Da moraju još dobro poraditi na metodama analize govori analiza MMR Vax Pro. Našli su 28% očekivane pileće DNA i 14% ljudske DNA. Što je s ostalim? Nešto nije u redu s metodologijom, a mi ne možemo iz rada detaljnije provjeriti što točno. Kako je ovo rad iz područja bioinformatike, u svim ozbiljnim publikacijama navodi se kako eksperimentalna metoda i uvjeti, tako i metode kompjuterske analize podataka, kako bi drugi mogli procijeniti valjanost. Autori to UOPĆE NE NAVODE. To je skrivanje podataka. Na nivou RNA ne nalazimo ništa neočekivano i što do sada nismo znali. Količina RNA je očekivano vrlo niska. Iznimno je neobično što autori NISU pronašli RNA virusa rubeole. Svaka serija cjepiva provjerava se na dva mjesta, i ispituje se biološkim metodama, odnosno radi se ispitivanje ŽIVIH virusa i njihovu sposobnost da inficiraju laboratorijske stanice, određujući tz. CCID50 (50% cell culture infectious dose). To je uopće preduvjet da bi cjepivo završilo na tržištu, a svakom cjepivu ispituje se stabilitet odnosno stabilnost. Čim su „otkrili“ kako su našli „0% RNA virusa rubeole“ odmah su trebali posegnuti kako za farmakopejskom metodom određivanje virusa rubeole u cjepivu, tako i za „starijim“ DNA tehnikama kao PCR-om (lančanom reakcijom polimerazom). Za tako ozbiljan problem uvijek se prije bilo kakve publikacije posegne za provjerom a autori to nisu napravili.
S obzirom na tako fascinantnu pogrešku RNA rubeole cijeli rad ostavlja puno pitanja u njegovu točnost. 

Nastavimo dalje s rezultatima.

RESULTS OF THE ANALYSIS OF VACCINE SAMPLES 4, 5, 6, 7

Analizirana su cjepiva Infanrix hexa, Polioinfanrix, Fluad i Vivotif.

Rezultati analize u potpunosti su u očekivanju. Razina DNA je niska. U Infanrix Hexa i Polioinfanrix nađena je majmunska DNA jer se takve stanice i koriste u uzgoju cijepnih sojeva virusa dječje paralize. U Fluad cjepivu nađena je pileća DNA jer se cijepni sojevi virusa gripe tako uzgajaju. U Vivotif nađeno je puno DNA i RNA jer se radi o bakterijskom cjepivu i to je potpuno očekivano.

ANALYSIS OF GENETIC VARIANTS

U ovom dijelu autori provjeravaju točnost sekvence (slijeda DNA i RNA). Autori smatraju da ako dolazi do odstupanja u sekvenci u cjepivu od onog koji se nalazi na internetu, tada smatraju kako cjepivo nije su skladu sa zahtjevom za kvalitetom. Pogledajmo jedan primjer. „Sample 2. – Measles vaccine live B.P. The measles virus genome contained in the vaccine showed 6 mutations compared to the Edmonston Zagreb viral strain filed in public databases with accession number AF266290.1.“

To je sve divno i krasno, ali autori pod 
1) uopće objavili koje su te mutacije, 
2) nisu potvrdili nađene mutacije klasičnim, odvojenim sekvenciranjem. 
3) Nisu u obzir uzeli drugu objavljenu sekvencu AY486084 i 
4) nisu naveli koje su te mutacije i djeluju li uopće na promjenu u proteinu. 
Jednostavno nedostaje dodatnih potvrda i analize njihovih relevantnosti. 

Takve početničke greške su doista velike: odsustvo prikaza koje su to mutacije, odsustvo potvrdnih testova, nedovoljno pretraživanje baza podataka. 

Autori na kraju tvrde: “We consider the presence of genetic variants in vaccine samples compared to the declared strains as a non-compliance of the drugs.“

 
Na žalost, i ovakve izjave mogu proći samo kod ljudi koji znanost i analitiku doista ne razumiju.
5/5
Podijelite dalje

dr.sc. Stribor Marković mag.pharm.

1992. godine upisujem studije medicinske biokemije na Farmaceutsko-biokemijskom fakultetu. Nakon završene četiri godine studija odlučujem upisati i studij farmacije. Svoj tadašnji znanstveni interes imao sam prilike razviti radeći kroz dvije godine diplomski rad kod dr. Blaženke Grahovac i cijelom tadašnjem timu Hrvatskog zavoda za transfuzijsku medicinu u čijem sam laboratoriju imao prilike napraviti svoje prve korake. Diplomirao sam na temu molekularnog određivanja vrste Borrelia burgdorferi sensu lato u kliničkim uzorcima. Zahvalan sam i drugoj mentorici, profesorici Marici Medić-Šarić na gotovo majčinskoj podršci i na prvoj znanstvenoj publikaciji. 1998. godine diplomirao sam oba studija i stekao titule magistra farmacije i diplomiranog inženjera medicinske biokemije. Vrlo kratko sam 1998. godine radio kao asistent na zavodu za organsku kemiju Farmaceutsko-biokemijskog fakulteta, a već iste godine zapošljavam se u istraživačkom institutu PLIVA d.d. čiji sam stipendist bio dvije godine. Počeo sam raditi kao istraživač u grupi koja se bavila istraživanjem novih protuupalnih lijekova kod dr. Mladena Merćepa. Njemu sam zahvalan, kao i svim kolegama, na svemu što sam naučio u znanosti, a toga je bilo puno. Biram li između istraživanja u industriji i akademskom okružju odabirem industrijsko okružje. Plod toga je nekoliko znanstvenih publikacija i više patenata. Postajem direktor istraživačkog programa u PLIVA d.d., a potom i voditelj stanične biologije u GlaxoSmithKline (GSK). Teško je nabrojati sve što sam prošao u znanstvenom iskustvu, od in vivo modela, molekularne i stanične biologije i niza tehnika. Smatram to privilegijom jer današnji koncept znanosti u industriji katkad više ograniči ljude nego im daje slobode. Više se ne smatram istraživačem i znanstvenikom, premda je, tko zna, jednom moguće da se vratim na taj posao. Ne volim ni da me tako zovu jer se ne volim krivo predstavljati. Kao prilog svoje povijesti prilažem listu radova. Ipak, ta povijest posla mi je dala puno vrijednog i zahvalan sam nekima omraženoj farmaceutskoj industriji na svemu što znam. 2005. godine postao sam doktor farmaceutskih znanosti s temom disertacije „Konjugati makrolida i glukokortikoida kao nova klasa protuupalnih lijekova.“ 2011. godine igrom neobičnog slučaja zaposlit ću se u Imunološkom zavodu d.d. najprije na Zavodu za transfuzijsku medicinu, a potom i kao direktor kvalitete. Bez obzira na težinu, to mi je bila velika privilegija i naučiti suptilnosti kontrole kvalitete cjepiva i proizvoda ljudske plazme obogati čovjeka za nivo striktnosti u kvaliteti koju druge grane industrije jedva dosežu. Bila mi je teška odluka otići i dan danas mi je žao te institucije i predivnih kolega koje sam tamo upoznao. Gdje su tu eterična ulja i biljke? Bezazleni tečaj aromamasaže u Aromari 2001. godine na kraju se pretvorio u hobi i interes. Zahvalan sam svojoj tadašnjoj tvrtki da je to bez problema ne samo tolerirala već su me i neki kolege ohrabrivali. Stekao sam samo jednu impresiju: svijet ljekovitih biljaka i eteričnih ulja je kaotični divlji Zapad u odnosu na striktnost svijeta farmaceutske industrije. U njemu ima potencijala koji treba razviti. Vremenom, to mi je postao moj glavni posao. Trebao sam položiti test i vlastite naivnosti i vremenom sam izgradio sve jasniji stav što je u tom svijetu prirodnih tvari i lijekova smisleno, a što je odnijela povijest. Svijet New Age-a ostavio je gorke uspomene na svijet „alternative“ i o tome trebam jednom napisati knjigu. Moj interes prema biljkama proširio se davno u svijet kozmetike, ali osobno ružno iskustvo dr. Stribor kozmetike udaljilo me još prije 3 godine od tog svijeta. Što sam znao, prenio sam na Plantageu kao mali hommage tom vremenu. Ako ikada nadrastem to gorko iskustvo ovaj interes, barem u smislu hobija, možda će se vratiti. Da bi se to desilo, ono staro prvo mora umrijeti, ali o tome više ne odlučujem ja. Moj današnji svijet je uvijek podređen osobnom učenju i iskustvu. Savjetujem pacijente i drago mi je što sam uopće prvi u struci razvio takav koncept koji je dio posla XXI. Stoljeća. Zahvaljujem se Atlantic Farmacia na uspješnoj suradnji kroz godine. Educiram puno druge i iz povijesti svojih prethodnih poslova pokušavam prenijeti svoja iskustva drugima i poraditi na općem znanju ne samo medicinskih djelatnika već cijelog društva. Aktivno pišem na Facebooku, izdao sam knjigu koja je plod tog pisanja, u grupi Samoniklog jestivog bilja, ali i u grupi Cijepljenje/vakcinacija – grupa za sve koji imaju pitanja i nedoumice, čime se zahvaljujem Imunološkom zavodu. Znam biti težak, premda sam uglavnom blagog karaktera. Tvrdoglav sam, ponekad prednost, katkad mana. Tko me povrijedio/la i financijski iskoristio/la, zauvijek ima zatvorena vrata. Nisam zlopamtilo osim u ekstremima kojih, srećom, nema puno. Na prste dvije ruke. Volim planinariti, to već mnogi znaju. Volim biljke ali i sve prirodne znanosti. Govorim francuski i engleski jezik. Više na: https://www.plantagea.hr/o-meni/

One thought on “Što je zapravo genetski materijal u CORVELVA “studiji”?

Comments are closed.