Je li moguće da je SARS CoV-2 “pobjegao” iz laboratorija?
Je li moguće da je SARS CoV-2 "pobjegao" iz laboratorija?
Rasprava oko hipoteze o bijegu virusa iz labosa postala je odjednom glasnija u posljednjih mjesec dana – čak i bez jakih dodatnih dokaza. Ovdje sam iznio neke dokaze koje do sad imamo i koji pobijaju teorije o lab-leak-u.
Je li teoretski moguće da je SARS- CoV-2 pobjegao iz labosa?
Da, ali bazirano na svemu što do sad znamo to nije vjerojatnije od ostalih opcija za koje postoje dokazi:
1. Podatci iz sekvenciranja ne pokazuju dokaze interferiranja.
Tu mislim i na famozni ‘furin cleavage site'(FCS) koje je nastalo neovisno više puta u evoluciji obitelji koronavirusa te su divlji koronavirusi izolirani s tim mjestom u spike-u. Zagovornici lab-leak hipoteze kažu da je ovaj FCS previše neobičan, što opet nije podržano.
Iako je SARS-CoV-2 prvi primjer virusa SARSr s FCS-om, drugi betakoronavirusi (rod za SARS-CoV-2) imaju FCS-ove, uključujući MERS i HKU1.
Mjesto cijepanja furina (FCS) / polibazično mjesto cijepanja prisutno je u SARS-CoV-2 na spoju S1 / S2 , gdje posreduje u rezanju (između ostalog i pomoću proteaza domaćina) spike-a, koji je potreban za infekciju stanica.
Mutacije, umetanja i delecije mogu se dogoditi u blizini spoja S1 – S2 koronavirusa, što pokazuje da FCS može nastati prirodnim evolucijskim procesom.
FCS je stvoren insercijom van okvira čitanja “CTCCTCGGCGGG” stvarajući “(P) RRAR” aminokiselinsku sekvencu, koja predstavlja suboptimalno polibazično mjesto cijepanja.
Sam FCS, (P) RRAR, nije optimalno mjesto(za cijepanje) i nikada se do sada nije koristio u eksperimentima CoV – za razliku od optimalnijih mjesta koja su umetnuta u SARSr CoV za osnovno istraživanje.
(P) RRAR FCS dakle nije optimalan i premda je ‘dovoljan’ za ‘uspjeh’ SARS-CoV-2 kao pandemijskog virusa, nije idealno mjesto kako je definirano kanonskim R-X-K / R-R FCS motivima.
Iz čega proizlazi da…
2. SARS-CoV-2 može vezati humani ACE2 s visokim afinitetom.
No računalne analize predviđaju da interakcija nije idealna i da se RBD sekvenca razlikuje od one prikazane u SARS-CoV da bi bila optimalna za vezivanje na receptor. Prema tome, afinitetno vezanje proteina spike SARS-CoV-2 na ljudski ACE2 najvjerojatnije je rezultat prirodne selekcije na čovjeku ili ljudskom ACE2 što omogućuje stvaranje još jednog optimalnog rješenja za vezivanje. To je snažan dokaz da SARS-CoV-2 nije proizvod namjerne manipulacije.
3. Teorija o serijskim pasažama u labosu.
Za hipotetsko generiranje SARS-CoV-2 staničnom kulturom ili životinjskim pasažama bilo bi potrebno prethodno izoliranje virusa progenitora s vrlo velikom genetskom sličnošću, što nije opisano.
Naknadno stvaranje polibazičnog mjesta cijepanja tada bi zahtijevalo opetovane pasaže u staničnoj kulturi ili životinjama s ACE2 receptorima sličnim ljudslima, ali takvo što nije opisano. Konačno, vjerojatno je da nije došlo do stvaranja O-vezanih glikana zbog prolaska kroz staničnu kulturu, jer takve značajke sugeriraju sudjelovanje imunološkog sustava.
Virus SARS-CoV-2 mutira na predvidljivi način kada ga izvadimo iz tijela i stavimo u petrijevku. Te promjene uključuju genetske delecije koje ga čine manje sposobnim da zarazi ljude.
SARS-CoV-2 toliko je visoko prilagođen boravku među živim sisavcima, da kad ga premjestite u petrijevku, dakle, ostavlja dokaz( jer je hipoteza da se to se moglo učiniti za generiranje SARS-CoV-2 bez ostavljanja traga )
4. Nedavna studija koristila je Prirodni vektor k-mer koji precizno opisuje filogenetske odnose i uvelike poboljšava računsku učinkovitost, posebno s velikom količinom podataka.
Rezultati:
Grupiranje SARS-CoV-2 s koronavirusima porijeklom sa šišmiša snažno sugerira da su šišmiši prirodni rezervoar SARS-CoV-2.
Izričito se sugerira da SARS-CoV-2 ima povijest unakrsne kombinacije vrsta između CoV-a šišmiša i Pangolina. Štoviše, Pangolin i Cibetka su divlji sisavci koji su se prodavali na mokrim tržnicama kad je izbila epidemija.
5. Mogućnost da je selekcija bila u ljudima nakon zoonotskog transfera još je jedna opcija.
Neki koronavirusi pangolina pokazuju snažnu sličnost sa RBD-om SARS-CoV-2 , uključujući svih šest ključnih RBD ostataka. To jasno pokazuje da je optimizacija vezanja proteina spike SARS-CoV-2 na ljudski ACE2 rezultat prirodne selekcije.
Procjene vremena najnovijeg zajedničkog pretka SARS-CoV-2 napravljene s trenutnim podacima o sekvenci ukazuju na pojavu virusa krajem studenoga 2019. do početka prosinca 2019., kompatibilno s najranijim retrospektivno potvrđenim slučajevima. Stoga ovaj scenarij pretpostavlja razdoblje neprepoznatog prijenosa u ljudima između početnog zoonotskog događaja i stjecanja polibazičnog mjesta cijepanja.
6. Spillover tj.prelijevanje sa životinja je jasno objasnilo pojavu SARS-1 I MERS-a.
7. Za Osmi alfakoronavirus je nedavno pokazano da se prelio sa pasa na ljudi u 17/18 i vjerojatno prouzročio pneumonije u par ljudi.
8. I dalje nema dokaza za podržati lab.leak hipotezu.
Ipak, za definitivni dokaz i utišavanje teorija o lab- leak-u možda će biti potrebno jako dugo. Na primjer, ebola je identificirana 1976. godine, uzrokovala je više epidemija, a mi još uvijek zapravo ne znamo od koje se životinje prelila. Da bismo potvrdili podrijetlo virusa, morali bismo uzorkovati divlje životinje i sekvencirati viruse koje nose kako bismo pronašli bliskog genetskog pretka.
Pripremio: Antonio Periš, mag. MLD
Izvori:
5/5