Španjolski jelen u crvenoj djetelini

Bilo bi vrlo tragično kada ne bismo imali posteljicu, da to je ona struktura koja omogućuje trudnoću. Vjerojatno bismo lijegali jaja. To bi se desilo kad ne bi imali proteine sincitine. Zalud teretana, da nema tih proteina muškarci bi imali velikih problema s lijepim mišićima.

Žene ne bi mogle u spolnim organima stvarati ni estrogene. Bez estrogena, lijepih mišića u fazi koketiranja i posteljice, vrsta bi nam bila osuđena na propast.

Složit ćete se sa mnom da bi bio problem kada bi kruh, pahuljice ili krumpir, svi vaši omiljeni kolači, bili manje probavljivi. Bez enzima amilaze u ustima, koja razgrađuje škrob, bilo bi puno teže. Ako izbjegavate škrob ali volite masnoće, vijesti su još gore.

Bez enzima kojeg nazivamo BAAT ne biste proizvodili žuč, pa biste se pozdravili s kokosovim uljem, čvarcima i špekom, ali i lanenim uljem, te čak i suplementima vitamina E, svim onim hranjivim tvarima koje za probavu i apsorpciju zahtijevaju žuč.

Što sve ovi nabacani procesi imaju zajedničko? Svi se oni zbivaju isključivo radi virusnog dijela nas. Da, oko 10% naših gena su ožiljci napada starih retrovirusa koji su se ugradili u naše gene.

Retrovirusi su virusi poput HIV virusa koji uzrokuje AIDS. Neki od njih su nas napali davno prije no smo postojali kao vrsta.

Takve viruse su naši preci pobijedili, ali i u dramatskom obratu evolucije, uzeli ili njihove proteine poput već spomenutog sincitina ili smo zahvaljujući tom virusu dobili mogućnost da stvaramo enzime u pojedinim organima – amilazu u ustima, BAAT u jetri, aromatazu, enzim koji stvara estrogene, u spolnim organima žene. Ove virusne „ožiljke“ na našoj DNA zovemo „endogeni retrovirusi“.
Dijelu nas koji volimo ovo područje to je sve poznato i kako smo otkrivali u XXI. stoljeću bili smo fascinirani.

No, zašto to sve pišem?

Tome smo zahvalni talijanskom udruženju Corvelva. O pogreškama u njihovim prethodnim „studijama“ već smo pisali pa ćemo se podsjetiti (Što je genetski materijal…, Što je sa studijom koju je objavila…  ). Trenutno je posljednji objavljen „In-depth analysis of the presence of rubella virus and virus sequences adventitious in the RNA-seq data obtained for Priorix Tetra, lot A71CB256A“ odnosno analiza cjepiva Priorix tetra navedenog broja lota.

Prvo što su „upozorili“ je prisustvo endogenih retrovirusa, kako ljudskog ili pilećeg podrijetla. Je li nam je to nešto novo? Nimalo. Vratimo se par godina unatrag.
1995. godine znanstvenici su našli tragove enzima reverzne transkriptaze u cjepivu protiv zaušnjaka (parotitisa), ospica (morbila) i rubeole. Godinu dana prije Švicarci su otkrili novu metodu, PERT test, koji može pronaći vrlo niske razine tog enzima, znatno više no smo mogli prethodnim testovima.

Prisustvo tog enzima tada je bilo iznenađenje. To bi značilo da se u cjepivu skriva neki potencijalno opasni retrovirus, virus poput HIV-a. Ubrzo se otkrilo kako taj enzim dolazi iz pilećih stanica gdje se uzgajaju virusi poput cijepnog virusnog soja zaušnjaka.

Reverzna transkriptaza je enzim koja se pojavljuje samo u nekim virusima, retrovirusima. Tada su laboratorijske tehnike bile već iznimno razvijene i otkriveno je nešto neobično – nije postojao virus.

Odakle onda taj enzim? Devedesetih godina smo naučili nešto bitno. 8-10% gena čovjeka čine ostaci starih virusa, retrovirusa, koji su se ugradili u nas, nestali kao virusi a od njih nosimo samo uspomenu – genetski kod. Nazvali smo ih endogeni retrovirusi i nalazimo ih posvuda u životinjskom i biljnom svijetu.

Reverzna transkriptaza u cjepivima bila je samo slabo aktivni produkt nekog davno nestalog virusa dinosaura, lišen opasnosti. Otkrio nam je samo dio genetske arheologije ptica.

Europska farmakopeja je to čak uvela kroz analizu cjepiva PERT testom kao informaciju, premda smo svjesni kako endogeni retrovirusi nisu infektivni.

Humani endogeni virus K je jedan od najpoznatijih endogenih neaktivnih retrovirusa, baš kao i HERV-H; virus ptičje leukoze je dio retrovirusa ptica i nema utjecaj na čovjeka, virus konjske infektivne anemije koju navode je vjerojatno krivo identificiran pretraživanjem baza podataka s drugim endogenim retrovirusima. Autori kao iznenađenje navode pronalazak tih retrovirusa na RNA nivou premda je i to poznata činjenica u biologiji.

Drugim riječima, retroviruse koje je našla talijanska Corvelva odavno smo svjesni, odavno smo procijenili rizik odnosno njegovo odsustvo, uveli čak u Farmakopeju.

Razumijem da je ovo iznenađenje za, primjerice, nekog tko je po zanimanju „Life Coach“. To niti nije njihov posao.

Prije nego pročitate odlomak možete malo ponoviti pojmove što su to DNK, RNK i proteini (http://bit.ly/2TOgI60 , http://bit.ly/2WUfurT , http://bit.ly/2URbvdQ ). Autori „studije“ navode problem povećane razine DNA, obraćaju se dosta dramatičnim tonom kako se radi o velikoj DNA (što su dokazali analizom na gelu) koja potječe, po njihovim riječima, iz staničnih linija, te kako je to iznad preporuka.

Autori u svom opisu postupka otkrivaju grešku. Radi se naime o Priorix tetra cjepivu. Priorix tetra sadrži jedan DNK virus, a to je cijepni soj varičela-zoster virusa. To je DNK virus koji ima vrlo veliku DNK, preko 120 000 parova baza. Autori navode baš strah od takve DNK koju su našli.

Napravili su početničku grešku. Kao prvo, Maxwell® 16 Blood DNA Purification Kit kojim su izolirali DNK, nije namijenjen izolaciji DNK iz cjepiva već iz pune krvi, te bi postupak trebalo vrlo dobro ispitati u svojoj efikasnosti. Druga je pogreška veća. Ovaj način izolacije će osim zaostale DNK iz staničnih linija, uzeti i DNK virusa varičela-zoster koji se normalno i nalazi u cjepivu.

Autori nisu naveli niti jedan postupak koji bi prethodno uklonili virusnu DNK ili sam virus. Poanta: visoka razina DNK u uzorku kojom plaše javnost posljedica je šeptrljave izolacije DNK i potpuno je očekivana u tom cjepivu koje sadrži DNK virus. DNK stanica je sigurno prisutna, to je za očekivati, ali autori su „zbrojili“ nju i virusnu DNK. Generalno ovo je studentska pogreška.

Autori navode, kao u svojim prethodnim objavama, vrlo niske razine cjepnog soja virusa rubeole te navode kako je „premalo njegovog antigena“. Autori opet ponavljaju istu grešku, a to je da nisu paralelno koristili vrlo jasnu metodu Europske farmakopeje određivanja titra virusa i usporedili sa svojom metodom.

Naime, kako autori rade samo na nivou RNK, to se NE može nazvati određivanjem antigena (proteina, cijelih virusnih čestica). No, postoji i dublji problem.

Autori za sve ove postotke koje nalazite u studiji koriste pogrešan program. Radi se o obliku analize DNK i RNK koji je automatiziran i određuje sljedove DNK baza. Za analizu postotaka koristili su program Kraken3.

Tu nastaje problem. Možda ćete ovo teže razumjeti, ali barem da vidite problem. Kraken program ne može odrediti postotak jer ima problem sa statističkim nalaženjem sličnosti DNK sekvenci te pojedine dijelove DNK grupira tako da NE možemo dobiti informaciju o postotku. To nije nepoznato. Za to su trebali koristit Bayesovu klasifikaciju odnosno algoritam i takvi programi postoje, no autori ne navode njegovo korištenje.

Treba imati na umu kako analiza velikog broja podataka s DNK analize nije bez pogrešaka. Autori recimo navode da su našli virus koji napada samo crvenu djetelinu, te čak preko 92 000 očitanja slijedova DNK koje pripadaju Elaeophora elaphi, parazitu koji napada samo jednu vrstu španjolskog jelena.

Tvrde kako u uzorku ima čak 1,5% sekvenci ovog parazita. Kako autori navode dvije varijante izvještaja, jednu dužu detaljniju, te jednu kraću, ovog su egzotičnog parazita u kraćoj verziji jednostavno izostavili bez da su objasnili kako je moguće njegovo prisustvo.

U proizvodnji cjepiva ovaj parazit ne može rasti u tim uvjetima, ova vrsta španjolskog jelena ni u kojem slučaju ne može doći u doticaj s proizvodnim procesom niti se od njega dobiva neka komponenta u proizvodnji.

Kakva bi bila korist ili zarada industriji cjepiva da šeću španjolskog jelena kroz proizvodni pogon, ostaje jedna velika nedoumica koji autori čak i skrivaju u dijelu izvještaja.

To se odnosi i na druge parazite koji ne mogu rasti van domaćina u proizvodnom procesu cjepiva. Uvid u sirove podatke dao bi još više mogućnosti analize. Autori navode neke sekvence kao „potvrđene“ (confirmed), ali osim softverske metodologije ne navode druge metode (poput PCR) kojom bi doista potvrdili to što su našli.

Ponavljam kako analiza cjepiva nije nimalo jednostavan posao, kako smo oko nekih tema poput endogenih retrovirusa duboko razmišljali još prije više od dvadeset godina.

Greške u metodologiji Corvelva su prilično jasne, pogotovo u kontekstu DNK sadržaja i dijela genoma stanica na kojima uzgajamo viruse. Svaka od ovih tema zaslužuje dodatni članak, stoga čitajte nas i dalje.